本院設下列各課、室，分別掌理各有關事項：
  一、教保課：掌理華岡院區啟智性院生生活自理能力訓練及智能啟發、
      年度個別教養計畫之擬訂及執行、個案紀錄等事項。
  二、社會工作課：掌理社會工作之個案調查、入院申請調查、家庭訪視
      、身心障礙諮詢服務、院生就業、就學及其家屬之心理、社會等問
      題之輔導與相關機構之聯繫。
  三、保健課：掌理院生之就醫保健與心理、物理、職能、語言治療工作
      ，及宿舍環境之監督、衛生教育、院生營養及衛生器材之管理等事
      項。
  四、養護課：掌理永福院區養護性院生日常生活照顧及協助生理復健、
      擬訂個別照顧訓練計畫、各項行為紀錄等事項。
  五、職能發展課：掌理院生各項職能訓練計畫之釐訂及執行、就業輔導
      、安置與轉銜計畫之規劃及執行，院生生活輔導等事項。
  六、秘書室：掌理法制業務、文書處理、檔案管理及印信、公共關係、
      新聞聯繫及會議、事務、出納及財產管理、研究發展、管制考核、
      綜合規劃及不屬其他各課、室之事項。