本總隊設左列各科分掌有關事項：
  一、設計科：掌理自來水工程中長期計劃之擬訂、水源、淨水設備、輸
      配水系統及機電設備之規劃與設計、工程用地取得及各項工程相關
      業務之協調與配合以及研考業務之推行等事項。
  二、工務科：掌理工程工事、招標、訂約、施工、考工以及試驗、檢驗
      、驗收等事項。
  三、供應科：掌理工程材料、機器等之請購、驗收、保管、調配、供應
      及料務統計等事項。
  四、總務科：掌理文書、出納、印信典守、事務管理及不屬於其他各科
      事項。