本會設左列各組分別掌理各有關事項：
  一、第一組：掌理原住民政策之策訂規劃、權益保障、研究發展與施政
      計畫、文化中心之規劃籌建及綜合業務等事項。
  二、第二組：掌理原住民文化保存與推廣、教育發展語言保護、藝術、
      體育及其他人才培育等事項。
  三、第三組：掌理原住民職業訓練與就業輔導、勞工權益、創業貸款、
      保留地之開發、規劃、執行及公營市場攤位登記等事項。
  四、第四組：掌理原住民生活扶助、急難救助、醫療保健、兒童、老年
      福利、婦女權益保障、青少年輔導、住宅政策規劃與執行及原住民
      社會團體之輔助與指導等事項。