本局設下列各科，分別掌理有關事項：
一、水質保護科：水污染防治、飲用水管理、毒性化學物質管理、環境油
    污染毒災及天然災害應變處理、土壤及地下水污染整治、海洋污染防
    治、河川污染整治、驗室業務等事項。
二、空氣噪音防制科：空氣品質規劃與管理、固定污染源管制、移動污染
    源管制、非屬原子能游離輻射管理、營建工程管制及營建空污費徵收
    退補作業、噪音與振動管制、低碳及節能減碳、河川揚塵管制、柴油
    車排煙檢測管制及電動機車推廣等事項。
三、廢棄物管理科：廢棄物管理規劃及執行、廢棄物處理場（廠）營運之
    管理（含焚化廠及掩埋場）、巨大家具回收再利用、垃圾減量、資源
    回收、水肥投入站管理、廢食用油回收再利用、廚餘多元再利用等事
    項。
四、綜合計畫科：環境影響評估、環境衛生及環境用藥管理、環境教育、
    綠色採購推廣、全民國防及民防業務、研考及其他綜合性環保業務等
    事項、及文書、印信、檔案、出納、總務、財產管理與資訊、為民服
    務、法制業務、及不屬於其他各單位等事項。
五、環境稽查科：稽查勤務規劃、稽查人員教育訓練、違反環保法規案件
    之舉報及裁處、受理舉發案件之陳情與訴願、收繳罰款、強制執行之
    行政移送、受理民眾檢舉違反廢清法業務獎金核發、違規張貼小廣告
    之稽查取締及斷話業務、公害糾紛處理等事項。