本局設左列各組、室，分別掌理及代辦有關事項，並得分科辦事：
  一、企劃組：掌理有關科學工業園區（以下簡稱園區）發展政策、策略
      及相關措施之規劃，科技研究創新與發展之推動，科技人才之訓練
      及人力資源之獲得與調節，建教合作與技術訓練，員工子弟學校之
      業務協調等事項。
  二、投資組：掌理有關園區吸引投資與對外宣傳，廠商科技能力與產品
      性能之評估，通用之技術服務設施，外匯及貿易業務，產品檢驗發
      證，產地證明之簽發與產品市場調查等事項。
  三、勞資組：掌理有關園區工商團體之業務督導，勞資關係、公共福利
      ，勞工安全衛生，勞動檢查等事項。
  四、工商組：掌理有關園區事業設立、營運之輔導與財務稽核，電信器
      材進出口查驗與護照憑證之簽發，工商登記證照及減免稅捐證明之
      核發，外籍與僑居國外人員聘僱之許可及管理，儲運及保稅倉庫之
      經營與輔導管理，預防走私與安全防護等事項。
  五、營建組：掌理有關園區土地之開發及各項公共設施之建設與維護，
      廠房及住宅之興建，工業用電證明之核發，環境保護相關業務之規
      劃與管理等事項。
  六、建管組：掌理有關園區土地之編定與徵收，廠房及住宅之租賃及其
      他公有財產之管理與收益，都市計畫土地使用管制與建築管理，景
      觀規劃與管理等事項。
  七、資訊室：掌理有關園區資訊業務規劃與管理，園區資訊化發展之推
      動，加值網路服務引進、應用與整合，資訊系統設計，資料處理，
      資訊應用訓練與諮詢服務等事項。