本局設各處、科、室，分別掌理下列事項：
一、疾病管制處：慢性、急性及新興傳染病、院內感控及登革熱等蟲媒
傳染病之預防、疫調、監測、控制、訓練、防治、教育宣導等及衛
生所管理等事項。
二、保健科：護理行政、婦幼健康、中老年病防治、癌症防治、長期照
護等事項。
三、職場衛生科：營業、職業衛生及外籍勞工健康檢查審核等事項。
四、醫政科：市立醫院、精神衛生、醫療機構管理、身心障礙鑑定及緊
急救護等事項。
五、藥政科：藥事機構、藥物及化粧品管理等事項。
六、食品衛生科：食品衛生管理及國民營養等事項。
七、衛生教育科：菸害防制、健康體能等健康促進及健康傳播、衛生教
育及訓練等事項。
八、檢驗室：食品、藥物、水質檢驗及公共衛生相關等檢驗事項。
九、企劃室：研究發展、管制考核、資訊業務及生命統計等事項。
十、秘書室：事務管理及採購等事項。
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