本局設左列各處室，分別掌理有關事項：
  一、企劃處：掌理中長程發展、經建計畫、重大投資、資源規劃、經營
      策略、專案研究分析評估及資訊系統之建立運用等事項。
  二、營業處：掌理行銷業務、客、貨運經營、附屬事業管理及有關營業
      設施、設計、調查、督導、考核等事項。
  三、運務處：掌理行車、運轉、車輛調度、車站設置調整及有關運輸設
      備、保安之設計、督導、考核等事項。
  四、工務處：掌理橋處、路線、工程、建築、產業管理之設計、督導、
      考核等事項。
  五、機務處：掌理動力車、客貨車運用計畫、車輛設備、設計、督導、
      考核等事項。
  六、電務處：掌理電訊、照明、號誌及電力等電務設施之設計、督導、
      考核等事項。
  七、材料處：掌理材料籌劃、採購保管、調配、稽核等事項。
  八、秘書室：掌理稽核、翻譯、譯電、會報、法律事務、機密文件、研
      究發展、管理革新、年度施政及工作計畫之彙編、管制考核、各項
      重要業務、檢查建議研究、業務報導、典禮、諮詢、新聞行政及總
      動員業務之規劃、推行、演習測驗督導考核等事項。
  九、行政處：掌理福利、文書、印信、事務管理、財務調度、國內外債
      務籌劃、出納及公用汽車保養等事項。
  十、勞工安全衛生室：掌理統籌規劃、督導及推行勞工安全衛生有關事
      項。