公平交易委員會處務規程係於一百零一年二月十五日訂定發布，並自一百 零一年二月六日施行；嗣因應多層次傳銷管理法於一百零三年一月二十九 日公布施行、公平交易法修正條文於一百零四年二月四日公布施行，為符 實際，調整本會部分單位權責事項，於一百零四年十月十四日發布修正全 文十九條。 現依據行政院所做員額評鑑結論報告，於本會主計室科長出缺後改置薦任 非主管職務，爰修正主計室二級單位數（修正條文第七條）
本會設下列處、室： 一、綜合規劃處，分四科辦事。 二、服務業競爭處，分四科辦事。 三、製造業競爭處，分四科辦事。 四、公平競爭處，分四科辦事。 五、法律事務處，分三科辦事。 六、資訊及經濟分析室，分四科辦事。 七、秘書室，分四科辦事。 八、人事室，分二科辦事。 九、政風室。 十、主計室，分二科辦事。
本會主計室科長出缺改置薦任非主管職務，爰配合修正第十款規定，減列 二級單位數。